Il existe deux façons de regarder la question du coût, soit à l’échelle des ménages, soit à celle de la société.

Concernant le budget des particuliers, le rapport  du WWF “Vers une alimentation bas carbone, saine et abordable” a montré qu’il était possible, pour le même prix, de mieux manger tout en réduisant notre impact sur la planète. Cette étude comparait le panier standard des Français avec un panier flexitarien et montrait que les économies permises par la réduction de la consommation de viande et de produits transformés industriels permettent d’acheter des produits de qualité (issus de l’agriculture biologique notamment) sans dépasser le coût du panier standard… 

Concernant le coût pour la société, il faut regarder l’ensemble des externalités associées aux différentes productions. L’agriculture industrielle coûte très cher à la société car elle génère de nombreuses externalités négatives. Ces coûts, liés par exemple aux pollutions de l’air et de l’eau ou encore à la perte de biodiversité, ne sont pas pris en compte dans le prix des produits mais sont tout de même pris en charge par les français. Le Commissariat Général au Développement Durable estime que le coût annuel du traitement des flux annuels d'azote et de pesticides est compris entre 54 et 91 milliards d'euros. Pour les eaux souterraines, le coût de la dépollution pour les nitrates serait compris entre 490 et 742 milliards d'euros et pour les pesticides entre 32 et 105 milliards d'euros, soit au total : de 522 à 847 milliards d'euros. 

Au contraire, l’agriculture biologique génère de nombreuses externalités positives (pour la biodiversité, la santé, etc.). C’est pourquoi, à l’échelle de la société, il est urgent d’accélérer le développement de l’agriculture biologique.